Nombrado profesor en la Universidad Estatal de Ohio en 1887, donde enseñó matemáticas y astronomía, accedió a la dirección del Observatorio Washburn.
En 1894 se casó con Esther Cecile Everett, con quien tuvo una hija, Mary Cecelia Cary.
Mantuvo este cargo hasta 1920, retirándose en 1922 y siendo nombrado Profesor Emérito de Astronomía.
Durante su carrera escribió varios libros de texto y publicó diversos artículos en revistas científicas.
El cráter Comstock, situado en la cara oculta de la Luna, lleva este nombre en su honor.