Más tarde fue asignado al submarino USS S-39 y fue ascendido a teniente segundo en 1928.
Fue ascendido a teniente en 1935 y asignado al portaaviones USS Saratoga en 1938.
Dufek recibió entonces el mando de la instalación naval en Kwajalein en el Pacífico y, finalmente, la Estación Aérea Naval de la isla Whidbey en Oak Harbor, Washington.
En reconocimiento a sus muchas horas de vuelo exploratorio sobre el continente del polo sur, Dufek más tarde recibió la Medalla de Expedición Antártica.
Mientras estuvo allí, participó en la Operación Highjump, una expedición naval a la Antártida bajo el mando del almirante Byrd.
Más tarde transfirió su bandera al rompehielos USS Glaciar y fue a bordo del Glaciar cuando completó una circunnavegación al continente antártico.