Paradójicamente, el gestor también puede utilizar puntualmente en el espacio y en el tiempo, procesos que para la gente suponen una degradación del medio ambiente: erosión que produzca grava, la tala o el fuego controlado para restaurar localmente los claros, el desbroce para deseutrofizar el medio ambiente o sacar a la luz semillas enterradas durante varias décadas, cortar algunos árboles y dejarlos sobre el terreno para restaurar el recurso de maderas muertas necesario para las comunidades saproxilófagas (ver Saprofagia y Xilofagia), etc. Cuando los grandes herbívoros han desaparecido de la zona, el gestor puede utilizar medios mecánicos (siega mecánica y retirada de las herbáceas cortadas), así como auxiliares vivos como ovejas, vacas, cabras, caballos, burros, etc. que mantienen el medio ambiente al dispersar semillas y propágulos de muchos organismos de una manera similar a la de los animales salvajes.
Las liebres y los conejos pueden ayudar a mantener áreas de páramos o céspedes cortos, etc.
Al favorecer las especies ubicuas en detrimento de las endémicas —mucho más variadas— la homogeneización antropogénica de los seres vivos (en inglés biotic homogenization)[12] tiene impactos graves, inmediatos y también retardados, particularmente en los procesos ecológicos y evolutivos.
Su objetivo es restaurar el buen estado ecológico del curso de agua, o aproximarse todo lo posible.
Sin embargo, quitar los obstáculos artificiales (presas, presas derivadoras) o demoler taludes de cemento o tablestacas para devolver a la zona unas características más naturales no es suficiente para recrear las grandes zonas aluviales de brazos muertos y trenzas que existieron décadas o siglos antes, ni para restaurar plenamente los servicios ecosistémicos asociados a ellas.
Los científicos y gestores de espacios naturales pueden considerar la reintroducción ciertas especies recientemente extinguidas en un entorno (grandes herbívoros, grandes carnívoros) que desempeñaron papeles funcionales y ecológicos esenciales, cuando estos cometidos no pueden lograrse con la gestión restauradora de los humanos.
También se prevé experimentar (en un entorno confinado) con introducciones como la del león o el elefante africano en América del Norte para respectivamente "reemplazar" las especies de leones cavernarios y mamuts que no sobrevivieron a la caza prehistórica.
(2012) analizaron los resultados del obras de ingeniería ecológica en 401 humedales restaurados y 220 creados (basándose en estructuras biológicas).
Para el dominio marino, otros autores[17] creen que es urgente intentar al menos una restauración mundial de las pesquerías.