En 1553 fue nombrado vicario de Nación, que le otorgaba autoridad para fundar conventos y recibir religiosos en Chile.
[1] En 1556 se embarcó junto al nuevo gobernador García Hurtado de Mendoza hacia Chile.
Volvió luego a Santiago, en donde fundó el convento de Santo Domingo.
Pronto tuvo que sufrir acusaciones en su contra, y lo llevaron a volver a Lima para plantear la problemática ante sus superiores dominicos, el virrey del Perú y la Real Audiencia de Lima.
[1] Ante esta situación, Gil González volvió a Santiago, en donde continuó predicando en contra de la opresión de los naturales, lo que reavivó acusaciones en su contra.