Mafra estaba a bordo cuando los portugueses capturaron la nao en Benaconora, hoy Jailolo, en las islas Molucas.
Fue encarcelado durante 5 meses en Ternate (20 km al sur de Benaconora) y después trasladado a una cárcel en las islas de Banda, donde permaneció durante 4 meses.
El San Cristóbal llegó finalmente a la isla de Mazaua, un lugar en donde había anclado Magallanes en 1521.
[1] Tras muchos padecimientos, hambre y escorbuto, la flota logró de nuevo reunirse pero fue luego capturada por los portugueses.
Se embarcaron para Malaca, donde los portugueses les pusieron en un barco con destino a Lisboa.