Giovanni Bernaudeau debutó en el Vélo club del Pays de la Châtaigneraie antes de unirse al club Vendée U-Pays de la Loire.
Debutó como profesional en 2005 con el equipo Bouygues Telecom dirigido por su padre, Jean-René Bernaudeau.
Con este equipo, participó en el Giro de Italia, terminando 110.º en 2005.
En 2011 estuvo cerca de la victoria en la Tropicale Amissa Bongo consiguiendo la segunda plaza en la 3.ª etapa por detrás del joven Nacer Bouhanni, y realizó una buena París-Corrèze siendo décimo de la general.
En la Dauphiné se escapó durante la primera etapa y debido a esto consiguió de manera provisional el maillot de la montaña.