Giovanni Colonna (Roma, c. 1456 - ib, 26 de septiembre de 1508) fue un eclesiástico italiano.
Hijo de Antonio Colonna y de su tercera esposa Imperiale Colonna, sobrino del cardenal Prospero Colonna y hermano del condottiero del mismo nombre, era protonotario apostólico cuando el papa Sixto IV le creó cardenal de Santa Maria in Aquiro en el consistorio de 1480, y poco después le concedió la administración de la diócesis de Rieti.
Como tal participó en los cónclaves de 1484 y 1492 en que fueron elegidos papas Inocencio VIII y Alejandro VI, y como protodiácono en los de septiembre y octubre en que lo fueron Pío III y Julio II.
Fue abad Subiaco y Grottaferrata, arcipreste de San Juan de Letrán y legado en Perugia.
Su sobrino Pompeo le sucedió en el obispado de Rieti.