El Gobierno Regional de Madre de Dios es el órgano con personalidad jurídica de derecho público y patrimonio propio, que tiene a su cargo la administración superior del departamento de Madre de Dios, Perú, y cuya finalidad es el desarrollo social, cultural y económico.
Tiene su sede en la capital regional, la ciudad de Puerto Maldonado.
Desde el 1 de enero de 2019 el órgano ejecutivo está conformado por: Desde el 1 de enero de 2019 el órgano administrativo está conformado por:[1] 2 Alianza para el Progreso 2 Perú Patria Segura 2 Movimiento Regional Fuerza por Madre de Dios 1 Democracia Directa 1 Partido Democrático Somos Perú El consejo regional es un órgano de carácter normativo, resolutivo y fiscalizador, dentro del ámbito propio de competencia del Gobierno Regional, encargado de hacer efectiva la participación de la ciudadanía regional y ejercer las atribuciones que la Ley Orgánica de Gobiernos Regionales del Perú respectiva le encomienda.
Está integrado por 9 consejeros elegidos por sufragio universal en votación directa, de cada una de las 3 provincias del departamento.
Su periodo es de 4 años en sus cargos.