En GoboLinux, cada programa tiene su propio árbol de subdirectorios, donde se encuentran todos sus ficheros.
Esto produce un más sencillo y menos desordenado árbol de directorios.
Este depósito se propone para ser organizado como el usuario lo estime conveniente.
Para ver sus características, se puede leer el artículo: "Las Ideas Detrás de Compile".
Los desarrolladores mantienen eso, aunque estas distinciones fueron una vez muy prácticas, ellas no son necesarias en nuestro ambiente radicalmente diferente moderno.
Hay enlaces simbólicos que relacionan los directorios más usados en Unix hacia el árbol de GoboLinux.
No obstante, en 2003, Hisham Muhammad, el principal desarrollador del proyecto GoboLinux, escribió una «Guía de Portabilidad Rápida y Sucia» ("Quick-and-Dirty Porting Guide")[7] para aquellos quienes quisieran portar la distribución a la plataforma PowerPC (entre otras arquitecturas).
[8] Se portó también a arquitecturas embebidas, tales como ARM y SuperH, lo que se logró fácilmente luego del lanzamiento de Bootstrap,[9] una herramienta desarrollada específicamente para automatizar el proceso de portar la distribución.