Inició su carrera jugando como defensa central y volante de contención, en las divisiones inferiores de Audax Italiano y Cobresal, no pudiendo progresar debido a la baja estatura.
Luego, decidió jugar como arquero, yéndose a probar a Palestino y Magallanes, quedando en el conjunto de colonias.
[1] Tras un partido amistoso entre las inferiores de Palestino y Universidad de Chile, en donde debió ingresar al segundo tiempo, Flores tuvo un destacado desempeño, lo que llevó al conjunto laico a ofrecerle una prueba en sus inferiores, donde firmó tras dos meses.
[2] Luego de luchar por el puesto con Rodrigo Cancino en las divisiones inferiores, no logró consolidarse como titular, y luego del nacimiento de su hija, decidió salir del conjunto azul en busca de minutos.
[3]Debido a la Pandemia de COVID-19, debió dejar el conjunto de Linares tras incumplimientos en las remuneraciones sin haber debutado.