Estudió música sacra en Brunswick, composición, piano, análisis musical y acústica en Detmold, técnicas de representación musical en Colonia y técnicas de computación en Bonn.
Dio conferencias después en el conservatorio estival de Darmstadt.
Además asistió a otros compositores, entre ellos Mauricio Kagel, Franco Evangelisti, György Ligeti, Brün y Karlheinz Stockhausen (con la realización de Gesang der Jünglinge y Kontakte).
En 1964 Koenig se trasladó a los Países Bajos, donde fue hasta 1986 director y posterior presidente del Instituto de Sonología en la Universidad de Utrecht.
Continuó produciendo obras electrónicas (Terminus 2, la serie de Funktionen).