Grafos pangenómicos

El grafico pangenómico permitirá la modelación de las variaciones en la secuencia del ADN que existen entre los diferentes genomas representados.

Secuenciación de alta fidelidad (HiFi): Proporciona lecturas largas y precisas.

Herramientas bioinformáticas: Software como Minigraph[2]​ permite añadir genomas al grafo progresivamente, identificando nodos y rutas que representan nuevas variantes.

Validación: Herramientas como Flagger aseguran la precisión de las variantes detectadas.

En un estudio reciente (Nature Communications, 2024),[1]​ se utilizó un grafo pangenómico para analizar 668 genomas humanos.

Grafo pangenómico de 3117 genomas de Acinetobacter baumannii generado con el software PPanGGOLiN. Los bordes corresponden a la colocalización genómica y los nodos corresponden a los genes. El grosor de los bordes es proporcional al número de genomas que comparten ese vínculo. Los bordes entre los nodos persistentes (similares a los genes centrales), de la capa y de la nube están coloreados en naranja, verde y azul, respectivamente.