[cita requerida] Durante el periodo de 1980-1990, los gobiernos civiles de Belaúnde Terry (1980-1985) y Alan García (1985-1990), frente al inicio de la 'guerra popular' por el Partido Comunista del Perú - Sendero Luminoso en 1980 y la 'guerra revolucionaria' por el Movimientco Revolucionario Túpac Amaru (MRTA) en 1984, se limitaron a dictar órdenes de represión militar como medidas provisionales para velar por el orden interno ante la amenaza subversiva.
[cita requerida] De este modo, el concepto de guerra sucia tiene un significado diferente para los actores armados involucrados en el conflicto (Fuerzas Armadas, grupo Colina, grupos subversivos), las autoridades judiciales y la academia nacional e internacional.
Todo abuso y exceso cometidos habría sido consecuencia de actos individuales por uniformados que no siguieron los reglamentos ni los planes del comando militar.
Desde 1980 hasta 1989, el Ejército tuvo que lidiar con el problema del terrorismo con escaso apoyo del Ejecutivo y la clase politica, expresado en la ausencia de políticas claras y de orientación estratégica.
[8] Frente a este contexto, las Fuerzas Armadas decidieron reorganizarse y elaborar por cuenta propia una nueva estrategia contra la subversión basada en la consolidación de las rondas campesinas y las labores de inteligencia.
[9] Todas las acciones realizadas y la información recopilada por parte del Ejército en esos años sirvieron para que en 1989 se formulara una nueva estrategia contra la subversión interna, la cual se consolidó en el gobierno de Alberto Fujimori.
Y a medida que se fue avanzando en esta lucha, estos excesos fueron minimizándose [...]"[11] Jorge Montoya Manrique
Esta decisión fue adoptada durante una mesa redonda organizada por el comandante general del Ejército, Pedro Villanueva Valdivia.
[17] Tras un extenso debate, los presentes acordaron de manera unánime enfrentar al terrorismo mediante la guerra clandestina.
Asimismo, se estableció que todas las operaciones contarían con el respaldo unánime de los altos mandos y estarían bajo estricto secreto.
Según las investigaciones, se llegó a determinó que la casona ubicada en el jirón Huanta operaba como un refugio senderista debido a su proximidad con locales aledaños de la Policía Nacional y porque en ella vivían heladeros y ambulantes, cubiertas habituales usadas por Sendero Luminoso para realizar sus atentados.
A pesar de que el operativo no fue ejecutado de manera eficiente por el general Perez Documet, y que dicho error permitió que el caso saliera a la luz, la operación dejó un mensaje al enemigo:“No sigas porque te vamos a seguir persiguiendo, ya sabemos dónde te escondes y vamos a seguir volteando a tu gente”[24]Por último, frente a los cuestionamientos sobre lo violento de la nueva estrategia adoptada, Martín Rivas señaló que todas las guerras eran injustas y tienen excesos de por medio:“El problema es que la guerra es de por sí un exceso.
Toda guerra por definición es sucia”[25]Del mismo modo, el uso de la violencia fue un medio necesario para prevenir actos terroristas, contrarrestar el fanatismo y evitar que la población se una a la causa subversiva del PCP-SL:“Es verdad que la muerte, el repaso, la exposición de cadáveres no es algo ético, por supuesto, pero es un método de guerra que atemoriza al enemigo y a la población que quiera ayudar o sumarse.
[28][fuente cuestionable] Es por ello que los excesos cometidos por las Fuerzas Armadas desde 1982 no pueden ser considerados como eventos aislados.
[29][fuente cuestionable] Y cuyo eje doctrinal se fundamentaba en el anticomunismo promovido por los manuales militares estadounidense de contrainsurgencia, los cuales planteaban el exterminio del elemento subversivo como método principal para enfrentar la insurgencia.
Por el contrario, prevaleció un criterio que justificaba los crímenes organizados desde el Estado y las fuerzas del orden, pues se le atribuía al PCP-SL la responsabilidad principal de las muertes durante la guerra interna.
[35][fuente cuestionable] A esto se le suma que frente al inicio de la lucha armada por parte del PCP-SL en 1980, el gobierno respondió con violencia.
Este gobierno solo representa los intereses de los grandes monopolios y el imperialismo y se propone llevar la guerra sucia a niveles aún más duros"[38]Sin embargo, pese a lo anterior, el MRTA buscó establecer un diálogo con el gobierno entrante para explorar posibilidades de paz y evitar una guerra civil.
[44][fuente cuestionable] Para ello, el grupo retuvo sus actividades armadas y capturó al congresista Gerardo López Quiroz, vocero de Cambio 90, a quien se le ordenó llevar un mensaje al presidente de iniciar un diálogo entre las partes para evitar el enfrentamiento.
Mensaje que no tuvo éxito debido a la postura de Fujimori, la cual planteaba que el único diálogo posible era previa rendición y entrega de armas[44][fuente cuestionable]"Entonces nos quedó claro que cualquier diálogo o acuerdo sólo sería posible si lo imponíamos con nuestra fuerza político militar.
Sin embargo, el 17 de diciembre de 1996, el ultimo dirigente nacional del MRTA en libertad, Néstor Cerpa Cartolini, tomó la residencia del embajador japones en Lima con 72 rehenes a los cuales mantuvo cautivos por 136 días.
En el ámbito académico, autores como Aníbal Quijano,[46] Carlos Tapia García,[47] Gonzalo Portocarrero,[48] José Manuel Camacho Delgado,[49] Gonzalo Ghamio[50] y Steve Stern[51] utilizan el concepto de 'guerra sucia' para referirse a lo excesos cometidos por las fuerzas del orden durante la época del terrorismo en el Perú.
Caso distinto a autores como Nelson Manrique,[52] Richard Clutterbuck[53] y Carlos Iván Degregori [54] quienes utilizan el concepto para hacer referencia a los excesos cometidos tanto por las fuerzas del orden y como por el PCP-Sendero Luminoso.
Por el lado del ámbito judicial, en el proceso a Alberto Fujimori por los casos Barrios Altos y La Cantuta, los conceptos 'guerra sucia' y 'guerra de baja intensidad' fueron utilizados para describir la estrategia contrasubversiva extraoficial aprobada durante sus primeros años de gobierno para enfrentar a la subversión.
Hubo algunos sectores de las Fuerzas Armadas que manifestaron su desacuerdo con los operativos realizados por el Grupo Colina y se atrevieron a denunciar estos hechos.
Fueron en total nueve tomos donde se presentó el resultado final de un análisis profundo sobre las violaciones a los derechos humanos ocurridas durante las dos décadas de violencia al interior del país.