El Maga'låhi Matå'pang asesinó a San Vitores en 1672, resultando en una campaña de represalia española que consistía en quemar pueblos durante 1676.
El enfado local por los ataques contra pueblos resultó en otra rebelión dirigida por Agualin y un segundo asedio a Hagåtña.
Sin embargo, con la mayoría de los soldados españoles en las islas del norte, en Guam había estallado una rebelión.
El antiguo pueblo chamorro estaba organizado en extensos grupos familiares matrilineales, estratificados en tres clases jerárquicas.
La náutica chamorra y el sakman, impresiono a los primeros españoles que visitaron las Marianas.
[3]: 19 Los misioneros descubrieron que aldeas distantes en Guam que les habían dado la bienvenida anteriormente estaban ocultando caminos con maleza, negándose a darles la tradicional comida de bienvenida de fruta y pan y reuniéndose con ellos armados.
[3]: 19 Estos casos de violencia hizcieron que San Vitores se planteara su oposición a la fuerza armada.
Después de un mes, un fuerte tifón puso fin al asedio y causó más bajas que la batalla.
[cita requerida] Calungsod fue asesinado primero, seguido poco después por San Vitores, cuyo cráneo fue partido por una espada y su corazón acabó perforado por una lanza.
[3]: 30 Como respuesta, los españoles lanzaron un ataque punitivo contra Tumon, quemando varias casas y sakmans .
Dos semanas después, los españoles atacaron Chochogo, quemaron sus casas, destruyeron muchas lanzas y mataron a dos chamorros.
Ordenó desmembrar al hombre muerto y colgarlo entre dos postes como advertencia a otros chamorros que se resistían.
Al mes siguiente, un jesuita fue asesinado en Upi por un hombre chamorro que lo acusó de estafarlo en un intercambio.
Por esta época, Antonio Ayhi se hizo conocido como el más pro-español de los caciques.
Durante el asedio, Antonio Ayhi y otros líderes proespañoles intentaron llevar comida a la misión sitiada.
En enero de 1679, Ignacio Hinete mató en Tarragui a tres personas que habían estado involucradas en disturbios anteriores.
Algunos pueblos, como Hanum, se negaron a someterse y los españoles quemaron algunas casas en represalia.
Cada uno de estos pueblos tenía una iglesia y se construían en filas ordenadas bajo la dirección española.
Esto resultó en baja moral, intentos de encontrar dinero por cualquier medio posible e indisciplina general.
Fueron seguidos por Quiroga quien, con ayuda local, expulsó a los rebeldes hacia las colinas hasta que la mayoría de ellos se rindieron.
Un jesuita escribe que un opositor "fue cortado con un hacha y su cuerpo colgado del pie de un árbol para inspirar miedo".
Terminada la campaña, Quiroga envió 25 soldados para forzar la sumisión de las islas escasamente pobladas más al norte, mientras comenzaba a construir un fuerte en Saipán.
Sin embargo, la reducida guarnición de Hagåtña tentó a los rebeldes que aún estaban en Guam.
Una fuerza aún mayor de rebeldes regresó unos días más tarde para intentar tomar el presidio, pero se encontraron con defensores reforzados por Ignacio Hineti y sus aliados chamorros.
Sin embargo, los rebeldes pronto regresaron, asediando el fuerte durante semanas y realizando tres cargas decididas en un intento de romper las líneas españolas.
En este punto, la fuerza española contaba con 35 efectivos, de los 75 originales que habían comenzado su campaña.
Sin embargo, Quiroga tenía una reputación temible y los rebeldes abandonaron el asedio a su llegada.
Esplana regresó al año siguiente, aunque vivió en gran parte en Umatac mientras trabajaba en sus planes de envío.
En Saipán, Quiroga sólo encontró una resistencia simbólica, persiguiendo a los guerreros saipineses durante días.
Quiroga hizo a la gente de Tinian la misma oferta que había hecho en Saipán, pero no respondieron.