Cuando Bustos fue derrotado por el general Paz, se negó a aceptar la autoridad del nuevo gobernador.
Junto con su hermano mayor José Vicente, fue tomado prisionero y conducido a Salta, pero en el camino se escapó hacia Santiago del Estero.
Allí se unió al ejército del gobernador Juan Felipe Ibarra y combatió contra la invasión que este sufrió desde Tucumán.
El avance de las montoneras federales obligó al general Paz a trasladar todo su ejército en esa dirección, en una campaña que terminaría con su prisión.
Pero Facundo se movió demasiado rápido, y pasó sin ser molestado a Santiago del Estero.
El gobernador hizo elegir un sucesor leal, Pedro Nolasco Rodríguez, pero este se vio obligado a presentar la renuncia.