Posteriormente entró en el ejército, y se convirtió, en 1887, en teniente del regimiento segundo Garde-Ulanen.
Desde 1885, Karl Peters había colonizado áreas de África Oriental para Alemania.
Debido a su conocimiento de las condiciones locales, Götzen fue nombrado gobernador del África Oriental Alemana en marzo de 1901, pero pronto tuvo que hacer frente a una gran crisis en la colonia.
En 1906, Götzen renunció al puesto de gobernador debido a su mala salud.
El buque de pasajeros alemán Graf von Götzen fue nombrado en su honor.