El Haplogrupo E es el haplogrupo mitocondrial más característico del Archipiélago malayo, desciende del macrohaplogrupo M9, tiene una antigüedad de unos 30.000 años y sus marcadores genéticos son 3027, 3705, 7598, 13626 y 16390.
Se puede deducir que en Taiwán hubo una colonización inicial durante el pleistoceno tardío procedente de China, la cual dio lugar a un conjunto genético (gene pool) característico de los aborígenes de Taiwán y conformado principalmente por los haplogrupos E, B4, B5a, F1a, F3b y M7.
[1] En este conjunto el haplogrupo E se encuentra en todas sus variantes importantes, tales como E1a, E1b, E2a y E2b, confirmando la relación entre la población malaya con los aborígenes de Taiwán.
También hay una versión que propone un antiguo origen en Sondalandia (Indonesia).
[2] Son sus principales subclados: Haplogrupos de ADN mitocondrial humano