Hendry Thomas debutó a los 16 años con el Club Deportivo Olimpia contra el Real Comayagua, el partido finalizó en empate (2 - 2).
Luego pasó a FC Dallas, pagando el equipo tejano únicamente 550 mil dólares.
En el año 2005, Hendry Thomas fue parte fundamental para que Honduras lograra la clasificación al mundial de Países Bajos categoría sub-20.
Pero éste no tuvo la oportunidad de integrar el equipo que participó en dicho mundial juvenil.
Posteriormente, se adjudicaron el título del torneo al derrotar a los Estados Unidos 1-0.