Durante la ocupación alemana de su país en la Primera Guerra Mundial, Pirenne sobresalió por la oposición pacífica contra el invasor e incluso fue detenido por ello.
Pirenne aduce contra la teoría general que la Edad Media no se inicia con la caída del Imperio romano, pues los bárbaros que lo vencieron, no lo destruyeron, sino que por el contrario, se romanizaron y lo utilizaron económica y culturalmente para beneficiarse de él.
Estos invasores, que tenían una civilización más desarrollada que la europea, tuvieron por estrategia cerrar el Mediterráneo a la navegación por los europeos, convirtiendo a la Europa marítima en una Europa continental, reduciendo enormemente su riqueza y favoreciendo la aparición de feudos por el continente, todo lo cual profundizó la confrontación entre los musulmanes y cristianos, que derivó en una lucha en que cada parte reconcentró y defendió su identidad religiosa a falta de otra forma de cohesión nacionalista.
Las fases del predominio de una u otra parte a lo largo de la Edad Media se pueden concretar en un primer periodo de predominio musulmán, posteriormente la reacción cristiana conocida como las Cruzadas, y por último la contraofensiva musulmana, realizada esta vez por el Imperio otomano, en las costas orientales del Mediterráneo, hasta que Europa las recuperó en la Primera Guerra Mundial.
Jacques Heers criticó la obra Mahoma y Carlomagno: