[3] Su carrera política comenzó en 1966, cuando fue candidato a diputado provincial por la Alianza Renovadora Nacional (ARENA), partido de situación del régimen militar entonces vigente.
En 1974 Córdova se eligió diputado federal por Santa Catarina, también por la ARENA, con 35.399 votos.
Por eso, fue a Brasilia a explicar porqué había dado aumentos por encima de los límites: "es que Santa Catarina tiene condiciones para hacer eso, pero los otros Estados brasileños no las tienen".
Después de dejar el Gobierno del Estado, Henrique Córdova se postuló, en 1986, a diputado en la Asamblea Nacional Constituyente que resultó en la Constitución de 1988, habiendo sido elegido por el Partido Democrático Social con 40.634 votos.
En 1988, Henrique Córdova migró para el Partido del Frente Liberal (PFL, hoy DEM), al cual permaneció afiliado hasta su fallecimiento.