Se graduó de Emory and Henry College en Virginia.
Después de graduarse ae mudó a Eufaula, Alabama y estudió leyes.
Aprobó el examen de abogacía en 1849 y abrió una oficina en Clayton, Alabama.
Entre sus oficiales subordinados estaba el futuro compañero general de la Guerra Civil William W. Adams.
Inicialmente, sus servicios no fueron necesarios, pero posteriormente se ordenó a Clayton que tomara el mando de todas las tropas voluntarias entrantes de Alabama mientras se reunían en Pensacola.
Clayton fue nombrado su primer coronel y el regimiento se unió a la brigada de Franklin Gardner.
y Bertram Tracy Clayton, más tarde se convirtieron en miembros del Congreso de los Estados Unidos.