Surgió en 1888 como parte del Instituto Médico Nacional, posteriormente en 1929 su custodia pasó a la UNAM, en que actualmente reside.
[1] Este herbario resguarda distintos tipos de muestras de plantas, hongos, líquenes, frutos, semillas y maderas.
Cuenta con un acervo de 1 300 000 ejemplares de plantas, lo cual lo convierte en el herbario con la mayor cantidad de muestras de plantas mexicanas del mundo.
[2] El acervo que posee el herbario puede ser consultado por botánicos y profesionales de otras carreras, estudiantes de licenciatura y posgrado puesto que está destinado al desarrollo científico, de igual manera esta instancia recibe donaciones para incrementar sus ejemplares.
El herbario nacional de México cuenta con diversas colecciones las cuales son: