Schaaffhausen vivía cerca de Bad Honnef en una elegante villa que sigue existiendo en la actualidad.
El príncipe heredero Guillermo de Prusia visitaba a Hermann con frecuencia cuando estudiaba en Bonn.
Fuhlrott encontró los restos de Neandertal 1, se fue a Bonn llevando un molde de yeso del cráneo descubierto para pedirle a Schaaffhausen que lo acompañara al yacimiento donde se encontraban los restos y los analizara más detalladamente.
Schaaffhausen compró los restos a Fuhlrott, y se los vendió al museo de Renania, donde han permanecido hasta la actualidad.
Allí, las conclusiones de Schaaffhausen no gustaron al comité, y su defensa de la forma especial y presunción del hombre de Neandertal como raza predecesora y distinta del hombre moderno, tanto en el comité como en la posterioridad, le costó la carrera académica: en su 50.º aniversario como profesor, cuatro años después del comité, perdió su posición académica quedánose sin silla ni voto en la universidad, a pesar de sus peticiones al Ministerio.