En 1534 acompañó a su padre en el paso al Nuevo Mundo con sólo seis años.
Representó a su padre ante el cabildo de Santiago ante los alegatos que este planteó por la sucesión del Gobierno de Chile.
Fue Corregidor de La Serena y Justicia Mayor por primera vez en 1553, siendo posteriormente destituido luego que entró a Santiago acompañado por soldados arcabuceros con mechas encendidas para requerir reconocimiento de su padre como principal autoridad del reino de Chile.
(Véase "Anexo:Expediciones a Chile hostiles a España durante la colonia") En 1567 contrajo matrimonio en Chuquisaca con Agustina de Matienzo, de esta unión nacerían seis hijas; Inés, María, Constanza, Jacoba, Ana y Bernarda.
Hernando de Aguirre fallece en Chile, probablemente en La Serena, en 1605 o 1609.