Muy joven abrazó la carrera militar interviniendo en Italia, Alemania y Hungría.
Aunque no se tienen noticias de su llegada a las costas americanas, se cree que llegó primeramente, en 1553, a la Isla de Margarita (Venezuela) de la cual contribuyó a la defensa del ataque de corsarios franceses, no bien se hubo establecido en la isla, con su compañía, tuvo que intervenir en la defensa de Cumaná y posteriormente, como teniente del capitán Salinas, en 1555, pasaba a la Gobernación de Popayán, para contribuir a la conquista del territorio neogranadino.
Aunque el capitán tenía un hijo y una hija mestiza, contrajo matrimonio con la viuda doña Juana Taborda después de abril de 1563.
Mandaron como juez al capitán Rodrigo Pardo, sin embargo, ya había llegado a la villa Luís Velázquez de Rengifo, quien encarceló al capitán Zafra, dándole la casa de su morada por cárcel.
Para alejarse de las intrigas, decidió irse a vivir a la andina ciudad de Tunja, y como tenía la obligación de presentarse en Bogotá, ante la Real Audiencia, el capitán de Zafra puso en venta todos los bienes que tenía en Antioquia, y con su familia, en octubre de 1571 llegó a Bogotá, donde la Real Audiencia pudo probar sus leales servicios a la Corona.