Hipótesis polifilética de la neurona

[1]​ Esta propuesta se opone a la hipótesis monofilética del origen de la neurona.

Sin embargo, diversos estudios arrojaron datos sobre los ctenoforos, considerados en un principio pertenecientes al filo de cnidarios, como un filo distinto a éstos, y además, más antiguo que los poríferos.

Esto hace pensar que las neuronas se originaron en ambos grupos de modo independiente.

No obstante, también se ha encontrado que determinados genes que controlan los procesos bioquímicos propios de la sinapsis del clado Bilateria, están presentes asimismo en el genoma de distintas especies de poríferos, aunque en éstos dichos genes no se expresan.

Este hecho, que podría llevar a pensar en un ancestro común, hace que la hipótesis monofiletica no pueda ser descartada, por lo que son necesarias más investigaciones para clarificar si el origen de las neuronas fue monofiletico o polifiletico.