En cambio, la historia hospitalaria propiamente dicha comienza luego de la colonización española.
En 1525 el Marqués del Valle organizó una expedición a los territorios de la actual Honduras, entre los que se encontraban el médico Pedro López, el boticario Bachiller Escobar, el doctor Valdivia, y el cirujano Diego de Pedraza.
El médico británico Thomas Riss dirige el hospital San Juan de Dios en Comayagua.
En 1887 en la presidencia del doctor y general don Luis Bográn se adquirió el primer aparato de Rayos X abriéndose así el departamento de radiología por el Director del hospital en ese entonces el doctor Miguel Ángel Ugarte, siendo la primera máquina en funcionamiento en Centroamérica.
En 1910 se funda la Organización de la Sanidad en Honduras y se emite el primer Código de Sanidad que surte buenos efectos hasta 1914, con la organización nacional y el nombramiento del primer director general, recayendo en el doctor Agustín Santiago Brizio.
En 1918 se inaugura el Hospital Atlántida, construido en la ciudad de La Ceiba, departamento de Atlántida, su fundación se debió a que la compañía transnacional bananera que operaban en la costa norte de Honduras, desde finales del sigo XIX y principios del XX no daba con abasto, tanto para los servicios médicos de trabajadores, mucho menos lo hacían con sus familiares y personas ajenas; es por ello que los visionarios señores Tulio Gabre y el doctor Alberto Valle Beltrand, idearon solventar esta angustiosa necesidad del pueblo costero hondureño.
Con la creación del Hospital Vicente D'Antonni en La Ceiba, también más adelante se une a la dirección la Escuela de Enfermeía que allí funcionaba, fusión que conllevaba el mejorar el rendimiento académico de los egresados en enfermería.
En 1926 se inaugura el “Asilo de Indigentes” que acogía a los enfermos con trastornos psiquiátricos y demencia los cuales eran tratados y sometidos a ejercicios mentales con el fin de restablecer sus perturbaciones.
El Hospital fue renombrado con el nombre del doctor Mario Amado Mendoza, especialista graduado en la Universidad de Perú.
y que se edificó mediante donaciones del “Patronato Nacional de la Infancia” (PANI), desde 1973 se prestan sus servicios de investigación y docencia en cuanto a la rama médica psiquiátrica.
Después, el inmueble fue adquirido por el “Instituto Nacional del Tórax” y destinado para internar a los pacientes que presentaban enfermedad mental crónica e irreparable.
Hasta el día de hoy presta sus servicios médicos a los enfermos que son internados y varias veces trasladados desde el “Hospital Psiquiátrico doctor Mario Amado Mendoza” y de Centros Penales a cuyo caso cuando presentan severos cuadros crónicos mentales.