Zanzíbar ha estado habitado durante al menos 20 000 años; su historia escrita comienza cuando el archipiélago se convirtió en un lugar de paso para los comerciantes que viajaban entre Arabia, India y África.
El tercer pilar de la economía lo constituían los esclavos africanos, que convirtieron a Zanzíbar, entre los siglos XVII y XIX en un importante centro esclavista del mundo árabe, creando un sistema comercial triangular con Arabia y la India similar al sistema esclavista triangular de Europa-África-América (El gobierno británico puso fin al tráfico de esclavos a fines del siglo XIX bajo el gobierno del sultán omaní Hamud ibn Mohámmed, controlado por los británicos).
La muerte del sultán Khalid bin Bargash en 1896 y su sucesión por parte de un candidato no aprobado por los británicos llevó a la guerra anglo-zanzibarí, considerada la guerra más breve de la historia (38 minutos).
En una cueva del archipiélago se han encontrado herramientas microlíticas de hace unos 20 000 años (Sinclair y otro, 2006).
No se han encontrado restos cerámicos de las primeras comunidades agrícolas y metalúrgicas de Zanzíbar, que surgieron en la zona durante el primer milenio, hacia el siglo VI.
Los comerciantes también comenzaron a asentarse en pequeño número en Zanzíbar desde finales de los siglos XI o XII, mezclándose con los indígenas africanos.
Hacia finales del siglo XVI los portugueses comenzaron a perder poder en la zona, debido a la competencia inglesa, que también querían controlar la costa oriental africana y la ruta comercial hacia la India.
Los árabes establecieron fortalezas en las islas de Zanzíbar, Bemba y Kilwa.
El nuevo sultán nombró un gobernador para Zanzíbar y todas las posesiones omaníes en la costa africana.
A su muerte en 1856, los hijos de Saíd se enfrentaron entre sí por la sucesión al trono.
[1] (David Livingstone estimó que unos 80 000 africanos morían cada año antes de llegar a Zanzíbar para ser vendidos).
Este tratado convertía Zanzíbar y Bemba en un protectorado británico (no en una colonia) y la franja de Caprivi (en la actual Namibia) se convertía a su vez en un protectorado alemán.
Se nombró un gobernador-visir para aconsejar al sultán y defender los intereses británicos, que permanecieron en su mayor parte inalterados.
A la muerte del sultán Hamad ibn Thuwaini el 25 de agosto de 1896, Khalid bin Bargash, el primogénito del segundo sultán de Zanzíbar Barghash ibn Saíd, se apoderó del palacio y se declaró nuevo sultán.
Sin embargo, Khalid no contaba con la aprobación del gobierno británico, que apoyaba a Hamud ibn Mohámmed.
Hamoud bin Mohámmed fue declarado nuevo sultán y la paz regresó a Zanzíbar.
El hijo del sultán Hamoud, Alí, fue educado en Gran Bretaña.
Desde 1913 hasta 1963 los británicos nombraron a sus propios gobernadores residentes sin la interferencia de los sultanes.
La película italiana Africa Addio documenta la revolución, incluyendo la masacre (Diferencias étnicas similares se repitieron durante la segunda mitad del siglo XX en África Oriental, como la expulsión de indios en Uganda en 1972).