Sin embargo, todos estos trabajos estaban limitados por el hecho de que las descripciones correspondían siempre a etapas tardías del desarrollo, lo que no permitía dilucidar el clásico debate entre preformacionistas y epigenetistas.
A lo largo de la segunda mitad del siglo XVIII, varios autores dieron un nuevo impulso a la embriología: Victor Albrecht von Haller, Lazzaro Spallanzani y Caspar Friedrich Wolff.
A partir de 1810, la embriología conoce una atención sin precedentes.
Christian Pander, Karl Ernst von Baer y Martin Heinrich Rathke son considerados los tres grandes fundadores de la embriología moderna.
La embriología fue una ciencia fundamentalmente alemana, aunque no exclusivamente.