Esta fue posiblemente, en forma sucesiva, la sede de las llamadas culturas Killke y Lucre, que florecieron entre los años 600 y 1200 d. C. En ese período se hace presente en la zona del Cusco la influencia Huari o Wari, cuyo centro estaba en Ayacucho, influencia que pudo haberse derivado de una ocupación directa de la región por pobladores venidos del norte.
Entonces el valle del Huatanay y sus inmediaciones estaban habitados por pequeñas comunidades, algunos de cuyos nombres se conocen: sahuasiras, antasayas, huallas, poques, lares, alcavizas, copalimaytas.
Poco se sabe, en cambio, soibre su origen y lenguaje, aunque lo más probable es que hablaran aimara.
Así, Juan de Betanzos dice que no había en el emplazamiento del Cusco sino un pequeño grupo de "hasta treinta casas pajizas y muy ruines" y que la mayor parte del valle era "un tremedal o ciénaga".
Esto probablemente no era tan cierto, pues, aunque todavía estaban lejos del desarrollo que se alcanzaría dos siglos después, esos pobladores de entonces fabricaban una cerámica bastante elaborada y sus técnicas agrícolas eran, en lo fundamental, las mismas que sus sucesores emplearían.
Traían, seguramente, conocimientos y una organización más avanzada que el de los pobladores originarios.
Aunque los cronistas recogieron informaciones detalladas sobre los primeros gobernantes incas, es difícil otorgar total credibilidad a estos datos.
habida cuenta de que la transmisión oral no resulta confiable, porque se desliza hacia el mito, cuando se refiere a hechos sucedidos más allá de las cuatro o cinco generaciones.
Por ello, se suele considerar a los primeros Incas, hasta Huiracocha Inca, como míticos, y se calculan fechas absolutas a partir del reinado de Pachacútec, cuando la información resulta más fiable.
Se atribuye a Cápac Yupanqui haber establecido este régimen diárquico o más bien, restablecido, pues al parecer era el que imperaba en Taipicala antes de que los incas migraran al Huatanay.
Inca Roca realizó incursiones militares fuerra del valle, pero sus dominios no crecieron en forma sustancial, pues está probado que los curacazgos vecinos fueron todavía independientes en este período.
Y fue, precisamente, este pueblo, emparentado, por lo demás, con los incas, pues tenían un común origen altiplánico, el que pondría en riesgo la independencia del Cusco, y el que, al ser vencido, posibilitaría la imparable expansión de los incas.
El período de esplendor cusqueño se inicia con el nuevo Inca, en el siglo XV.
Como quiera que fuese, Huayna Cápac permaneció buena parte de su vida en Tumibamba, fundada por su padre y donde había nacido, y allí enfermó y murió a avanzada edad, aparentemente de viruela, la cual, adelantándose a sus iniciales portadores europeos, también terminó con la vida de Ninan Cuyuchi, sucesor designado por Huayna Cápac.