Las secuencias se compararon mediante blastp,[4] a continuación, los empareja y agrupa, utilizando un árbol taxonómico construido a partir de la similitud de secuencias, donde los organismos más estrechamente relacionados se emparejan primero, y luego los siguientes son añadidos al árbol.
[2] Las secuencias se emparejan utilizando un algoritmo heurístico para maximizar la puntuación global en una coincidencia bipartita (véase grafo bipartito completo), más que a nivel local.
Y luego, se calcula la significación estadística de cada pareja.
[5] Homo sapiens, Pan troglodytes, Canis lupus familiaris, Bos taurus, Mus musculus, Danio rerio, Rattus norvegicus, Arabidopsis thaliana, Gallus gallus, Oryza sativa, Anopheles gambiae, Drosophila melanogaster, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa, Caenorhabditis elegans, Saccharomyces cerevisiae, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Schizosaccharomyces pombe y Plasmodium falciparum.
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