La ciudad fue fundada oficialmente en 1253, y los derechos fueron confirmados en 1271 por el rey bohemio Přemysl Otakar II.
Fue destruido por una invasión húngara en 1474 y luego durante la Guerra de los Treinta Años.
Durante los siglos XIX y XX, el desarrollo económico de Benešov fue impulsado principalmente por la industria textil.
Los grupos religiosos más populosos fueron católicos con 3,766 (98.4%), seguidos por protestantes con 30 (0.8%) y judíos con 25 (0.6%).
Kohn, que nació en el seno de una familia judía aquí, cambió su nombre a Kerry y se convirtió al catolicismo antes de emigrar a los Estados Unidos en 1905.