Tenía dos puertas: Una conducía a la iglesia y la otra desembocaba en el patio que hoy conocemos.
En el siglo XVII, se remodeló la fachada principal y la Puerta Dorada fue demolida.
Dirigida por Lorenzo de Santa María, bajo planos de José Martín, la obra unifica el espacio mediante el tratamiento curvo y continuo del muro, el cual se articula con nichos y tribunas con celosías entre pilastras.
En los brazos del crucero, dos grandes relieves trabajados en estuco, en los que se representa la aparición de la Virgen María al apóstol Santiago, muestran el influjo ejercido por Ventura Rodríguez en el arte de José Martín.
El ábside, recorrido por pilastras jónicas, termina con una espadaña que dada su orientación, mirando a la ciudad, está tratada como si fuera la fachada principal de la iglesia.
El acceso al hospital está resuelto mediante una escalinata de doble ramal que se une en las mesetas, para volver a desplegarse, y que fue realizado a fines del siglo XVII, principios del XVIII.