[2] Junto a los conquistadores españoles, arribaron a esta región los primeros misioneros pertenecientes a órdenes religiosas europeas para promulgar el evangelio a los nativos, entre ellos los dominicos seguidos por los franciscanos, que desde 1523 se tiene registro de su presencia en Colombia sobre todo con la fundación de cofradías en Santafé y Tunja en 1530.
[8] Tiempo después, en 1569 fray Jodoco fue elegido guardián del convento franciscano de Popayán, que encontró a media construcción y una vez más se puso al frente de la obra.
En 1572 fue reelegido en el cargo y recorrió las tierras de los indios Chocoes.
[14]Y los frailes fueron expulsados de Popayán al poco tiempo, pasando entonces el claustro desacralizado a formar parte del patrimonio del estado, destinándose para brindar servicios administrativos como los juzgados y archivos departamentales.
El claustro fungió también como sede de la Asamblea Departamental del Cauca hasta 1945, cuando el gobierno nacional contrató al arquitecto Hernando González Varona para restaurar el edificio colonial, en el cual se derrocó su fachada colonial, la arcada de Adolfo Dueñas y se construyó una en estilo ecléctico neocolonial, además se aumentó su capacidad y se construyó una piscina donde antes estaba el potrero.