Las dos miniseries relatan los hechos ocurridos en cuatro líneas temporales: Charles Xavier (ahora denominado X) envió un mensaje telepático a todo el mundo, ofreciendo un trato a los dirigentes humanos: la venta y distribución de fármacos beneficiosos para los humanos y creados con la flora de Krakoa, a cambio del reconocimiento de dicha isla como una nación soberana para todos los mutantes.
En respuesta al mensaje y para confirmar la viabilidad del trato, embajadores de distintas naciones asistieron a una reunión en el hábitat krakoaniano en Jerusalén (uno de varios hábitats cuyas semillas se habían plantado en distintas partes del mundo).
Al atravesar el portal, fueron recibidos por Magneto y una de las Stepford Cuckoos, quienes los acompañaron en un recorrido por algunas áreas del hábitat.
La posición de los mutantes ante el mundo generó un alerta poblacional, territorial y financiera para la humanidad, por lo que se activó el protocolo Orchis, un grupo formado por miembros de distintas organizaciones humanas como Hydra, S.H.I.E.L.D., I.M.A.
Ella le aseguró conocerlo desde hace mucho tiempo y él leyó su mente, descubriendo algo que lo asombró.
Debido a la necesidad por incrementar su ejército, recurrieron a Siniestro para desarrollar nuevos mutantes, cuya tercera generación resultó ser la más exitosa al combinar la información genética de hasta cinco mutantes en uno solo.
De los miles de mutantes que sobrevivieron, la mayoría huyó al espacio y recurrió al Imperio Shi’ar, mientras un pequeño grupo permaneció oculto en el Asteroide K (sembrado por Krakoa), desde donde abren portales para ingresar a la Tierra y realizar misiones contra el hombre-máquina.
Ya en Año Mil, tras la finalización de la guerra entre los humano-máquinas y los mutantes, un ser conocido como Bibliotecario recorrió los archivos de Nimrod e intentó recuperar sin éxito la información recolectada por Nimrod sobre su experimento del alma mutante.
Observó una reserva en donde se almacenan especímenes de distintas especies antiguas y extintas.
[3] Moira Kinross vivió una vida ordinaria, donde trabajó como maestra, se casó y tuvo muchos hijos.
En esta segunda vida, decidió optar por un camino diferente, enfocado al estudio de la biología y psicología para comprender su propia naturaleza.
Tras haber recibido el entrenamiento necesario, buscó y ejecutó a cada miembro del linaje de Trask.
Luego de lo vivido, Kinross se radicalizó en su octava vida y aceptó la necesidad del mal que representaba Magneto, a quien convenció de los futuros caóticos que había visto para lanzar un ataque contra los líderes humanos.
[4] Durante la época de Año Uno, Moira y Xavier se reunieron con Magneto para superar sus diferencias.
En Año Diez, Xavier y Magneto enseñaron a Cíclope los archivos robados por Mystique, que poseían planos para la construcción de un Molde Maestro definitivo (denominado Molde Madre), el cual ya se encontraba en órbita cerca del sol y en estado inactivo, a cargo de la organización secreta Orchis.
En Año Cien, Rasputín y Cardinal se reunieron con los Jinetes del Apocalipsis para entregarles los datos obtenidos a Krakoa, que logró descifrarlos y halló la ubicación de la máquina que estaban buscando.
[6] Cíclope partió hacia la Forja de Orchis donde se activará el Molde Madre, acompañado por Wolverine, Mystique, Jean Grey, Rondador Nocturno, Monet, Arcángel y Husk.
Sin tener otra alternativa, Rondador Nocturno se teletransportó con Wolverine al exterior de la forja para destruir el collar, donde sería desintegrado por el sol, seguido por Wolverine, ya que su factor curativo le dio más tiempo para completar la misión antes de su inevitable muerte.
[8] En Año Uno, Magneto y Xavier llegaron a Bar Sinister, la isla gobernada por Mr.
Una vez finalizado el proceso, Los Cinco y los resucitados fueron presentados por Tormenta a los habitantes de Krakoa para celebrar su triunfo sobre la muerte.
Tras la fabricación del nuevo modelo, Xavier actualiza semanalmente estos datos y también guarda copias de seguridad escondidas en diferentes puntos.
Ella acepta con la condición de que se le otorgue un tercer lugar en el Concejo.
X envió un mensaje telepático de convocatoria a todos los mutantes del mundo para que se les unan en Krakoa.
[12] En Año Mil, a un día de la Ascensión, el Bibliotecario ingresó a una Reserva donde albergaba especímenes de distintas especies para estudiarlos, y allí conversó con Wolverine y Moira, quienes eran los últimos mutantes vivientes.
Asimismo, les confesó cómo la humanidad evolucionó en su especie (Homo Novissima), mediante los avances tecnológicos y la modificación genética.
Finalmente, Moira le propuso que la solución sería la unión de todos los mutantes.