En el Instituto de Geografía, Fuenzalida creó la revista Informaciones Geográficas, que fue un medio para dar difusión a las inquietudes científicas de quienes trabajaban en el instituto.
También colaboró con la ENAP realizando estudios de campo preliminares para futuras prospecciones petrolíferas.
En 1959 Humberto Fuenzalida representó a Chile en el Symposium Antártico que se llevó en Buenos Aires y en 1964 realiza trabajos científicos en ese continente.
Ese mismo año viaja a Alemania donde recorre institutos científicos de diversas universidades.
En 1934 es convocado por Ricardo Latcham para trabajar en el Museo Nacional de Historia Natural.
En el MNHN Fuenzalida se desempeñó como Jefe de la Sección de Geología y Paleontología, cargo que ejerció hasta que en 1948 fue nombrado director del museo, sucediendo en el cargo a Enrique Ernesto Gigoux.
En 1950 la biblioteca del MNHN contaba con cerca de 25.000 volúmenes, mientras que 233 000 personas visitaron el museo ese año.
Otra preocupación como director fue optimizar el aspecto del museo al público.
En 1954 se produjo un importante hito para el MNHN: la compra del Niño del cerro El Plomo, una de las piezas más emblemáticas de la institución, y cuyo hallazgo hizo noticia a nivel mundial.
Coronel Pablo Ihl y el General Ramón Cañas Montalva.