Pizarro trabajó como entrenador en el equipo juvenil de Emelec, siendo también entrenador interino del primer equipo en 2007[1] y 2008.
[2] En febrero de 2010, fue nombrado entrenador del Rocafuerte en la Serie B de Ecuador.
[3] En marzo de 2012 se hizo cargo del River Ecuador en Serie B[4] y logró el ascenso a la Serie A, máxima categoría del fútbol ecuatoriano, en 2014.
[6] En agosto de 2016, Pizarro volvió a dirigir en la Serie B luego de ser nombrado al frente del Colón FC, pero se fue en el mes de noviembre.
Para la campaña 2019 fue nombrado al frente del Orense en la Serie B[9] y logró el ascenso a la Serie A como campeón; sin embargo fue despedido por el club el 2 de septiembre de 2020 debido a los malos resultados[10] y posteriormente el 9 de diciembre fue nombrado director deportivo del 9 de Octubre.