Hupehsuchus era similar a su pariente cercano, Nanchangosaurus, pero difería de este en algunos aspectos.
Tenía un delgado y largo hocico, como el gavial, el delfín de río o los ictiosaurios, el cual probablemente usaba para sujetar peces o sondear el agua en busca de invertebrados.
No es claro exactamente a que grupos estaba relacionado Hupehsuchus.
Muchas características, incluyendo el descubrimiento de su polidactilia (dedos extra), sugieren que Hupehsuchus está relacionado con los ictiosaurios, pero el hecho de que los dígitos adicionales de Hupehsuchus' incluyeran más huesos en su mano, más que sólo en los dedos como ocurre en los ictiosaurios, puede desacreditar esta idea.
Junto a Nanchangosaurus parece ser muy distinto de cualquier otro grupo de reptiles y por lo tanto se les creó un nuevo orden para estos géneros, llamado Hupehsuchia.