Esta especie fue descrita originalmente en el año 1912 por el zoólogo estadounidense Edward Alphonso Goldman.
[3] La localidad tipo referida es: “Marragantí, río Tuyra, Darién, Panamá”.
Ya desde su descripción se la consideró como una subespecie más pequeña de Hydrochoerus hydrochaeris, por lo que durante décadas fue tratada así,[4] sin embargo, en el año 1991 luego de análisis genéticos[5] y morfológicos, fue elevada a la condición de especie plena.
Vive en varios tipos de hábitats, pero siempre junto al agua.
Muchos pantanos que constituyen su hábitat están siendo drenados en la desembocadura del río Magdalena, en Colombia.