Íñigo Larraínzar se formó en las categorías inferiores del CD Pamplona y, desde los trece años, en el CA Osasuna.
En total, esa campaña participó en catorce partidos con el primer equipo.
Para la siguiente temporada pasó a integrar definitivamente la plantilla profesional de Osasuna, junto con su hermano mayor, Txomin.
[2][3] El entonces técnico de los leones, Jupp Heynckes, que necesitiva un recambio tras la marcha de Rafael Alkorta, le reconvirtió a central, posición en la que jugó durante varias temporadas como titular.
En la temporada 2002/03 ya sólo participó en cinco encuentros de Liga, por lo que finalizada la temporada y, tras 10 años el club vasco, fichó por el Córdoba C. F. de Segunda División.