Algunos especialistas han intentado relacionarla con alguna familia lingüística, pero, en general, estas propuestas no gozan de amplia aceptación en el mundo académico.
Karl-Heinz Gursky publicó una hipótesis que pretendía mostrar una relación entre los idiomas zuñi y keres, la cual ha sido abandonada.
El proyecto comparativo ASJP[4] no muestra similitudes obvias de vocabulario entre el zuñi y ninguna otra lengua, aunque parece apuntar a una posible relación lejana con el chimariko,[5] o incluso el salinero;[6] sin embargo, dicha similitud podría deberse a razones accidentales y no es prueba en firme de parentesco.
Las semejanzas entre estas lenguas de distintas filiaciones se debe seguramente a los contactos históricos entre sus respectivas comunidades lingüísticas.
Por otra parte, algunas lenguas tanoanas poseen esquemas vocálicos del tipo i-e-a-o-u, cuyo origen parece encontrarse en el idioma zuñi.