En 1882, durante la Guerra del Pacífico, la iglesia fue tomada por 77 soldados del Regimiento 6.º de Línea "Chacabuco" del ejército de Chile, que la ocuparon y convirtieron en un fuerte para defenderse de las fuerzas peruanas, quienes le prendieron fuego para capturar a su enemigo.
El terremoto del año 1947 provocó la caída de la cúpula, la cual nunca más volvió a reconstruirse.
[2] Debido a los numerosos incendios y el terremoto del 47, esta Iglesia ha perdido en gran parte su diseño original.
Al ingresar, encontramos el nártex del Templo, a ambos lados de este espacio, se encuentran dos capillas: El del lado izquierdo está dedicado al Santo Sepulcro, y el del lado derecho está dedicado al Santísimo Sacramento.
Al costado de la Iglesia, se encuentra el despacho Parroquial.