Constituye un interesante ejemplo que corrobora la aceptación por parte de la Orden hospitalaria de la tradición mudéjar, aunque se interrumpió el proyecto original tras la construcción del ábside, cambiando de materiales y decoración.
De la construcción mudéjar destaca especialmente el ábside, construido en ladrillo a soga y tizón, sin contrafuertes.
Al exterior presenta, a un tercio de la altura, una faja decorativa de arcos mixtilíneos entrecruzados, enmarcada por sendas finas líneas de esquinillas; este motivo del arco se utiliza desde mediados del siglo XIV, constituyendo no sólo uno de los motivos decorativos más antiguos sino una manifestación peculiar del mudéjar aragonés, de precedentes locales.
En la parte superior del ábside se abren cinco ventanales, uno por cada paño, en arco apuntado, sin derrame, con parteluz y jambas de fuste octogonal, soportando arcos apuntados con el intradós lobulado, que se cruzan formando rombos mixtilíneos cerrados por ataurique, o se coronan con óculos con tracería calada.
Estos vanos van cerrados tanto al interior como al exterior por ricas yeserías; los vanos poseen algunos capiteles también en yeso, tallado con perfil corintio y cestillos decorado por hojas de ataurique, como una interpretación mudéjar de los capiteles taifales de la Aljafería.