Su construcción se inició el 1686 y fue finalizado en 1703, posteriormente fue restaurado íntegramente entre 2003 al 2005.
Por su significado histórico, valor arquitectónico y cultural, el templo y el antiguo convento fueron declarados Monumento Nacional por medio del decreto 1.584 del 11 de agosto de 1975.
Al año siguiente hizo su profesión religiosa en el teologado de Marcilla.
Al año siguiente fue ordenado sacerdote y destinado a Mindoro donde continuó sus actividades misioneras.
Poco tiempo después se enfermó de paludismo y regresó a Manila.
Durante el período comprendido entre 1703 y 1736 (fecha en que falleció el Arzobispo Antonio Claudio Álvarez de Quiñones, quien donó al convento $7.000,[3] dinero que sirvió para acabar el templo), la obra continuó enfocada en la edificación del hospicio, pues se debía demoler las antiguas casas de habitación, y proceder entonces a la construcción del coro, de la fachada y el atrio.
Además, en el interior ocultaron la cubierta en par y nudillo,[5] considerada la más amplia en su tipo de la Nueva Granada, con un cielo raso.
[7] Para lo cual, se comenzó con la realizaron los estudios complementarios, se actualizó el presupuesto de la obra, se consolidó la pintura mural al interior del templo, se gestionó ante la Secretaria de Hacienda del Distrito para la asignación de los recursos económicos necesarios para realizar la obra, así como el proceso para la licitación y contratación de las mismas.
[7] Templo de origen colonial, localizado en el barrio La Candelaria, en la esquina de la actual calle once con carrera cuarta, en sentido norte-sur, con acceso principal sobre la calle once.
Funcionalmente está integrado al claustro o convento de los agustinos recoletos, que se desarrolla al costado oriental y que hoy es ocupado por el Colegio Agustiniano de San Nicolás.
La nave central es más alta e iluminada en lo alto por ventanas, las cuales están alineadas con los arcos de medio punto y entre las ventanas se localizan unos cuadros antiguos.
Está compuesto por 3 cuerpos y 5 calles, estas últimas están delimitadas por dobles columnas.
En el presbiterio se hallaba el cuadro de la “Inmaculada” obra del pintor Gregorio Vázquez de Arce y Ceballos realizada en 1710, que según la tradición fue su última obra.
En las naves laterales se destacan los artísticos retablos, que datan de los siglos XVIII, XIX y XX; realizados en madera talla, dorada, policromada y con apliques.
También se destacan los confesionarios siglo XIX en madera tallada monocromada y dorada.
Por ejemplo, la torre del costado sur occidental presentaba grietas verticales de marcadas proporciones, que iban en toda la altura, acentuándose en los arcos, en los cuales tenían desprendimiento de las dovelas; la torre del costado sur oriental evidenciaba también grietas y fisuras.
El templo finalmente, después de la restauración integral del 2003-2004, se encuentra recuperado en su integridad.