La iglesia fue diseñada por el arquitecto local Girolamo Cassar y la construcción fue financiada por De Valette.
La iglesia no solo está dedicada a la Natividad de la Virgen, sino que la pintura titular también se encuentra detrás del altar mayor y representa el nacimiento de la Santísima Virgen.
Sin embargo, cuando se construyó la Concatedral de San Juan, sus restos fueron trasladados allí.
En 1699 se amplió el ábside de la iglesia por orden del gran maestre Ramón Perellos y Roccaful.
La fachada también incluye un busto de bronce del papa Inocencio XII.
A lo largo de los años, la iglesia sufrió varios daños tanto en su estructura como en sus pinturas.
La iglesia también contiene obras de Francesco Zahra, Ermenegildo Grech y Enrico Arnaux.