[1] No confundir con el Cuartel San Francisco el cual está aledaño, pero no forma parte de su construcción inicial.
En 1735 la iglesia fue reconstruida a orden del obispo fray Antonio Guadalupe López Portillo.
[2] Seguidamente don Diego de Aguileta y Peralta en 1665 mando construir -de sus propios bienes- el retablo de talla y acabado dorado para la imagen del Cristo crucificado de la Cofradía.
El otro retablo de estilo barroco y rococó es una obra de la Escuela de Talla guatemalteca del maestro Vicente Gálvez realizada en el siglo XVII.
En el siguiente siglo (XVIII) se terminaron de instalar los otros retablos también de estilo barroco y las columnas salomónicas.