La iglesia de San Francisco Javier, actualmente conocida como Marktkirche (en español, la iglesia del mercado), fue un antiguo templo católico universitario jesuita que se encuentra en el centro de Paderborn, cerca de la plaza del ayuntamiento y justo al lado del instituto Theodorianum, que utiliza la iglesia para los servicios escolares los jueves.
[1] El nombre Marktkirche le fue dado por la iglesia protestante San Pancracio en la actual Marienplatz cuando fue forzada a cerrar como un ejemplo en el curso de la Contrarreforma y que finalmente fue demolida en 1784 debido a su deterioro.
Tras concluir sin éxito las negociaciones con el arquitecto Antonio Petrini de Trento, el proyecto fue transferido a un hermano jesuita Anton Hülse (1635-1712).
El fundador solo vivió durante la primera fase de la construcción ya que murió en 1683.
La restauración llegó a su fin con la reconstrucción del altar mayor barroco realizada entre 1989 y 2003.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el altar barroco fue completamente destruido en marzo de 1945.
Esta tarea de reconstrucción se completó en ocho fases utilizando fotos y plantillas.