Diseñada por el arquitecto Francisco de Asís Fort en estilo neobarroco, fue construida entre 1946 y 1950.
[4] Entre otras instituciones y grupos vinculados a los jesuitas, en esta iglesia se reunía la Congregación Mariana de San Estanislao Kostka, dedicada a estimular la devoción a la Inmaculada entre los jóvenes.
En este templo solía escuchar misa todas las mañanas el almirante y presidente del Gobierno Luis Carrero Blanco.
Carrero Blanco murió en este atentado.
En lado norte del claustro, en la pared posterior al altar de San Francisco de Borja, se encuentra el sepulcro con los restos de san José María Rubio.