[3] Sin embargo, su escudo de armas aún se encuentra cerca del altar mayor.
[5] En 1858, la orden jesuita se hizo cargo del templo y lo renombró Iglesia San José.
La iglesia también sufrió daños durante el bombardeo a San Juan ocurrido en la Guerra Hispano-Estadounidense (1898).
[8] En la actualidad, la estructura ha sido sometida a una profunda restauración y rehabilitación, completada en 2021.
[6] La restauración ha sido llevada a cabo por el estudio Pantel & del Cueto, que ha sido precedida por profundos estudios arqueológicos y trabajo de archivo documental preparados por Beatriz del Cueto López.