En 1879, cuando era párroco el presbítero Pedro C. Valenzuela, San Antonio se apareció a una niña en un charco, lo que desencadenó una serie de milagros, convirtiendo rápidamente a Urrao en sitio de peregrinación.
Urrao al ser un sitio de peregrinación, atrajo a más feligreses de los que normalmente se hallaban en el pueblo, por lo cual, se pensó en construir un nuevo templo que reemplazara al edificado por Montoya y que fuera adecuada al desarrollo del pueblo.
Ildefonso Tirado Guzmán, urraense, párroco sucesor de Moreno, regaló una campana a la iglesia.
Entre 1895 y 1897 el párroco de Urrao fue José María Nilo Hincapié, quien avanzó en la construcción del templo, fue sucedido por José Lisandro Valderrama, quien fue párroco los tres últimos años del siglo XIX, a su vez, fue sucedido por el guatemalteco José María González, párroco hasta 1913, fue éste el encargado de inaugurar la iglesia, en 1911 aun sin terminar, mismo año en que se derribó la iglesia construida por Montoya, para extraer materiales de ésta.
Le correspondió desarrollar estas obras al párroco el español Ceferino Crespo,[4] entre 1919 y 1924, para lo cual hizo demoler algunas partes de la construcción, como el techo de la torre de la fachada principal, cuya altura fue elevada añadiéndole un cuadrado con dos ventanas en cada lado, sobre el cual se colocó, como complemento, una aguja, también de cuatro caras, rematada con una cruz; a los lados de la torre, en la fachada principal justo la parte que abarca cada una de las naves laterales fueron adornadas, con respectivas balaustradas que no dejan ver los tejados; la entrada principal, sobre la cual se diseñó un rosetón, fue enmarcada por algo así como dos columnas que sobresalen y rematan en pequeñas torres; y las tres puertas, lo mismo que las ventanas las arcadas internas que separan las naves, el presbiterio y los nichos de madera del altar mayor, fueron adornados con arcos ojivales.